Aux 17e et 18e siècles, le territoire de l’estuaire continue de voir défiler
des explorateurs britanniques, portugais, français et espagnols.
Les principales activités économiques sont la pêche et la traite des fourrures..
Le roi de France confie le développement de la colonisation à quelques commerçants,
en leur accordant le monopole de la traite des fourrures.
Toutefois, ces commerçants choisissent de maximiser les profits de la traite au détriment du peuplement.
À partir de 1615, des religieux missionnaires se joignent à des laïcs
pour lancer des expéditions d'exploration et de traite.
Les missionnaires participent à l’installation des colons et ont pour mission
de convertir les Autochtones à la religion catholique.
À la Pointe-aux-Anglais, dans le secteur du Bic, des marchands venus de La Rochelle
contreviennent au monopole attribué par le roi et utilisent l’alcool pour
attirer les Autochtones à troquer des marchandises avec eux.
Vers la fin du 17e siècle, les Premières Nations se voient obligées
de partager leur territoire avec les Européens qui s’établissent lentement dans la région.
Les contacts accrus entre les deux populations provoquent des épidémies,
qui entraînent un taux de mortalité allant jusqu’à 90 % chez les Autochtones, selon les régions.
La Seigneurie du Bic est concédée en 1675 par le gouverneur Frontenac à Charles Denys de Vitré.
Celui-ci engage des travailleurs pour exploiter le hareng, le saumon et l’alose.
Mis en barriques, ces poissons sont vendus à Québec et outre-mer.
La concession permet à Vitré de défricher quelques dizaines d'arpents de forêt
afin d'y construire des bâtiments et de cultiver le nécessaire pour nourrir les colons.
Le gros bétail aide les colons au défrichage et aux labours, dans les régions ouvertes à la colonisation.
Le peuplement dans le Bas-Saint-Laurent progresse lentement.
Les colons s’installent principalement en bordure du fleuve.
Ils côtoient les Autochtones qui fréquentent aussi l’endroit.
La Seigneurie de Rimouski est acquise par René Lepage en échange de sa terre de l'île d'Orléans.
Il s'y installe en 1696.
Vers 1700, le Bas-Saint-Laurent compte une trentaine d’habitants francophones.